Misiones ( Metal Gear Solid 1- Metal Gear Solid 2 Substance )

Metal Gear Solid(1):En este capítulo se muestra a un Solid Snake bastante joven y algo novato, se planeaba que Snake no cumpliera la misión, pero la cumple y con creces. El grupo de élite FOXHOUND es enviado por el gobierno de Estados Unidos a resolver la revuelta de Outer Heaven. Big Boss, comandante de FOXHOUND envía a Gray Fox, el mejor soldado de la unidad, a Outer Heaven. Pero en un momento se pierde el contacto con Gray Fox. Lo último que se lee en sus mensajes es "METAL GEAR..." Big Boss decide enviar a Solid Snake a ver qué ha sucedido con Gray Fox, rescatarle y acabar con el TX-55 Metal Gear que amenaza a los EEUU. Snake, al rescatar a Gray Fox y llegar al Metal Gear, se da cuenta que el líder de Outer Heaven es nada más y nada menos que el líder de FOXHOUND, Big Boss. Se ve en la obligación de luchar contra él y vencerle.

Metal Gear Solid 2 Substance: Capítulo del Barco
Nos encontramos dos años después del incidente de Shadow Moses (Metal Gear Solid). Durante estos dos años la tecnología secreta de Metal Gear gracias a Revolver Ocelot ha circulado libremente por el mercado negro. Como consecuencia han aparecido incontables versiones de Metal Gear por todo el mundo. En medio de todo esto está Solid Snake, actual miembro de la recién fundada Philanthropy, una ONG anti-Metal Gear, junto con su compañero Otacon (Hall Emmerich). Al haber sabido de un nuevo prototipo de Metal Gear que ha sido desarrollado por los U.S.Marines, y que está siendo transportado hacia un destino desconocido, Snake decide infiltrarse mientras el barco que transporta el nuevo Metal Gear camuflado como un petrolero recorre el rio Hudson. Su objetivo es tomar pruebas fotográficas del nuevo Metal Gear. Snake se infiltra satisfactoriamente en el barco, pero el barco es atracado por terroristas rusos que, supuestamente, van detrás del Metal Gear, descubriendo que Ocelot se ha implantado el brazo de Liquid Snake y padece una doble personalidad involuntaria. Minutos más tarde Ocelot vuelva el barco con explosivos matando a los marines, los rusos y supuestamente a Solid Snake y escapa con el nuevo prototipo Metal Gear Ray


Capitulo de la planta
Se juega con Raiden. Esta vez nos encontramos en una planta de limpieza medioambiental llamada Big Shell situada frente a la costa de Nueva York. El Big Shell se ha convertido en todo un símbolo de la protección medio ambiental y de la conservación del entorno. Súbitamente, es capturado por un grupo terrorista, Sons of Liberty (de ahí el título). Este grupo amenaza con volar el Big Shell si no se cumplen sus exigencias. La situación es claramente desesperante para el Gobierno, que ha pedido a la recién reformada unidad Fox Hound que se haga cargo de la situación. El elegido es el agente Raiden, que debe infiltrarse por sí solo en el Big Shell vía subacuática.
Cabe destacar que los supervivientes del grupo Dead Cell también participan en el asalto al Big Shell.